Sommaren 1812 står hela Europas framtid på spel, när gamla fiender blir till nya vänner.
Ett brittiskt krigsfartyg har kapats. Topphemliga dokument, som kan vända hela kriget i Napoleons favör, är spårlöst försvunna. När John Ross och Clifford Williams oväntat återvänder till Hanö, är det inte främst för att säga förlåt, utan för att be om hjälp.
Carl, Emma och drakarna dras in i en desperat kapplöpning mot fienden. Från lugnet i fyrvaktarbostaden på Hanö till explosiva eldstrider i den nattmörka skärgården utanför Karlskrona, där insatsen aldrig varit högre. Men det är inte bara vapen som hotar dem. Gammal fiendeskap, tvivel och oväntade känslor väcks till liv. Går det att lita på dem man en gång kämpade emot? Och hur mycket får man offra när det handlar om kärlek, vänskap ... och Europas framtid?
Skärgårdens hemlighet är den storslagna och actionfyllda finalen i serien om Fyrvaktarens son och Draken. Ett äventyr fyllt av eld, hjärta och avgörande val.